Учебно-методический комплекс «Биохимия» 3 курс, V семестр 06. 03. 01 «Биология (академический бакалавр)»

Скачать 0.73 Mb.

Название	Учебно-методический комплекс «Биохимия» 3 курс, V семестр 06. 03. 01 «Биология (академический бакалавр)»
страница	4/7
Тип	Учебно-методический комплекс

rykovodstvo.ru > Руководство эксплуатация > Учебно-методический комплекс

1 2 3 4 5 6 7

Контрольные работы оцениваются следующим образом:

верные ответы на все вопросы оцениваются на «отлично»;
неверный ответ на один вопрос или незначительные ошибки в решениях задач оценивается на «хорошо»;
неверный ответ на два из четырех вопросов оценивается как «удовлетворительно»;
в случае неправильных ответов ставится оценка «неудовлетворительно».

Работа студента на семинарах также оценивается преподавателем. Студент может получить бонусные баллы за быстрое, правильное и оригинальное решение задач на семинаре, за решение домашних заданий.

В зависимости от работы в течение семестра студент имеет право на получение оценки без прохождения зачета (оценки отлично-«автомата»).

Для этого он должен:

в ходе прохождения дисциплины посетить не менее 70 % лекций и все семинарские занятия и лабораторные работы;
написать две контрольные работы на оценку «отлично» и одну не ниже «хорошо»;

Итоговую оценку за работу в семестре студент может повысить на зачете в конце семестра, пересдав домашние задания и переписав контрольные работы.

Учебно-методическое обеспечение дисциплины: при подготовке к лекциям и семинарам студенты могут использовать рекомендованные преподавателем литературные источники и Интернет-ресурсы, а также любую доступную справочную литературу, программное обеспечение и базы данных.
Примеры вопросов на контрольных работах и экзамене:
Максимальная скорость ферментативных реакций и константа Михаэлиса.

Превращение метионина в гомоцистеин через S-аденозилметионин.

Биоэнергетический баланс синтеза одной молекулы гексозы из СО₂ при фотосинтезе.

Катаболизм аминокислот.

Синтез CTP из UTP и аммиака.

Преподаватель: С.Д. Мызина

Световая стадия фотосинтеза.

Превращение треонина в -кетомасляную кислоту.

Метод Сенгера.

Первая фотосинтетическая система.

Окисление жирных кислот.

Коферменты, ответственные за перенос ацетильного остатка.

Вторая фотосинтетическая система.

Пиридоксальфосфат и пиридоксалевые ферменты.

Синтез пуриновых нуклеотидов.

Циклическое фосфорилирование АДФ при фотосинтезе.

Роль глутаминовой кислоты в реакциях переаминирования.

Бромциановый метод расщепления полипептидных цепей.

Глюконеогенез.

Первичная структура биополимеров.

Оротовая кислота - предшественник пиримидиновых нуклеотидов.

Роль UDР-сахаров.

Перенос одноуглеродных остатков. Птероилглутаминовые коферменты.

Расщепление ДНК ферментами рестрикции.

Биосинтез липидов.

Пути превращения инозин-5’-монофосфата в аденозинмонофосфат и гуанозинмонофосфат.

Кинетическое уравнение для односубстратной ферментативной реакции.

Биосинтез жирных кислот.

Участие пиридоксальфосфата в декарбоксилировании аминокислот.

Механизм действия рибонуклеазы.

Циклопентанпергидрофенантрен как основа стероидов.

Рацемазы и эпимеразы.

Образование мевалоновой кислоты.

Спиртовое брожение.

Механизм действия карбоксипептидазы.

Образование сквалена.

Тиаминзависимое декарбоксилирование пирувата и регенерация NAD+ из NADH.

Вторичная структура белков.

Биосинтез аминокислот.

Внутримитохондриальный синтез цитрата. Транспорт цитрата через мембрану.

Вопросы для подготовки к экзамену. (Совпадают с программой курса).
ДНК - основное наследственное вещество клеток. Уровни организации структуры.

Пространственная структура нативной ДНК, модель Уотсона и Крика.

Определение первичной структуры нуклеиновых кислот. Метод Максама-Гилберта.

Метод Сенгера.

Пространственная структура белков.

Определение первичной структуры белков. Метод Эдмана.

Окисление NAD.H кислородом - основной процесс, приводящий к образованию

макроэргических связей.

Цепь переноса электронов.

Гликолиз. Основные реакции и биологическая роль.

Цикл мочевины. Превращение аммиака в карбамоилфосфат

Судьба пирувата в анаэробных условиях.

Транспорт веществ через фосфолипидные мембраны. Карнитин переносчик

активированных жирных кислот через внутреннюю митохондриальную мембрану.

Незаменимые аминокислоты.

Биосинтез пуриновых нуклеотидов.

Специфические межмолекулярные взаимодействия биополимеров между собой

и с низкомолекулярными компонентами.

Биосинтез пиримидиновых нуклеотидов.

Конформационная лабильность биополимеров.

Биосинтез серина.

Нековалентные взаимодействия в биополимерах.

Пируватдегидрогеназный комплекс.

Незаменимые аминокислоты. Возможность замены тирозина фенилаланином.

Биоэнергетический баланс полного сгорания молекулы глюкозы.

Альтернативный путь окисления глюкозо-6-фосфата (гексозомонофосфатный шунт).

Синтез CTP из UTP и аммиака.

Рибосомы как представители нуклеопротеидов.

Биоэнергетический баланс гексозомонофосфатного шунта - образования пяти

молекул гексоз из шести молекул пентоз.

Биосинтез изолейцина как пример синтеза аминокислот с разветвленной

алифатической цепью.

Окисление жиров и фосфолипидов.

Метод Максама -Гилберта.

Биоэнергетический баланс окисления жирных кислот .

Транскетолаза. Перенос оксиалкильных остатков.

Превращение аминокислот в кетокислоты, катализируемое оксидазами аминокислот.

Перенос ацильных остатков.

Лигазы. (синтетазы). Механизм действия аминокислота:тРНК лигазы.

Реакции трансаминирования между аминокислотами и -кетоглутаратом.

Биосинтез поли- и олигосахаридов.

Восстановление рибонуклеотидов до дезоксирибонуклеотидов.

Катаболизм валина.

Окисление углеводов.

Минорные компоненты нуклеиновых кислот.

Методы специфического расщепления полипептидов и белков.

Анаплеротические реакции цикла мочевины. Синтез орнитина из глутаминовой кислоты.

Метод перекрывающихся блоков для установления порядка фрагментов полипептидной цепи.

Механизм действия ферментов.

Значение фотосинтеза. Темновые стадии.

Классы ферментативных реакций.

Перенос оксалоацетата из цитозоля в митохондрии через внутреннюю

митохондриальную мембрану.

Примеры задач и вопросов на контрольных работах и экзамене:
Задача 1. Рассчитайте концентрацию растворов при рН 7.0 и толщине слоя раствора 1.0 см. используя указанные значения для молярного коэффициента поглощения: а) для раствора гуанина с оптической плотностью 0.325; в) для раствора Тимина с оптической плотностью 0.09.
Задача 2. Нарисуйте взаимное расположение гетероциклов в тройном комплексе полигуаниловой кислоты с с двумя цепями полицитидиловой кислоты.

Задача 3. Напишите последовательности всех продуктов, образующихся при последовательной обработке олигонуклеотида dhGTGACGTGAT гидразингидратом в 1М NaCl и 1М пиперидине.
Задача 4. азовите продукты, которые образуются, если пептид Val-Ala-Gly-Gly-Phe- Val-Met-Tyr-Cys-Gly-Trp-Met-Gly-Gly-Phe обработать трипсином, а образовавшиеся при этом фрагменты обработать затем бромцианом.

Задача 5. Почему карбонильный атом кислорода и имминогруппа одной и той же пептидной связи не образует водородной связи друг с другом?

Задача 6. Напишите реакции, дающие представление о кето-енольной таутомерии на примере глюкозы, маннозы и фруктозы.

Задача 7. Сколько изопреновых единиц содержится в структуре сквалена.

Задача 8. Предложите механизм ферментативной реакции, катализируемой фосфоглицератмутазой.

Задача 9. В случае аллостерических ферментов ингибитор в низких концентрациях оказывает активирующее действие. Почему?

Задача 10. Правильно ли утверждение: энергия, выделяющаяся при транспорте электронов по дыхательной цепи во внутренней мембране митохондрий, используется для перекачивания протонов через мембрану из мембранного пространства в матрикс?
Задача 11. Почему в напряженных мышцах наступает окоченение (ацидоз)?

Задача 12. В каких тканях окисление глюкозы происходит по пентозофосфатному циклу?
Задача 13. Будет ли происходить накопление оксалоацетата, если к экстракту, содержащему ферменты и коферменты цикла трикарбоновых кислот, если добавить ацетилкофермент А?
Задача 14. Напишите суммарную реакцию цикла мочевины , связывающую его с вспомогательными реакциями цикла трикарбоновых кислот и глутаматдегидрогеназой.
Задача 15. Укажите. Как регулируется синтез пуриновых и пиримидиновых нуклеотидов?

Методические указания и ответы решения типовых задач.
См.: Биохимия: задачи и упражнения. / Сост. В. Н. Бунева, Н. В. Кудряшова,

П. Е. Воробьев, С. Д. Мызина; Новосиб. гос. ун-т. Новосибирск, 2006. 87 с.
Глава I. БИОПОЛИМЕРЫ
1.1. Химическое строение нуклеиновых кислот и белков
1. а) 0.429; б) 0.264; в) 0.049.

2. а) 4.51·10^-5 М; б) 1.22·10^-5 М.

3. 1-N, NH₂, 7-N, O при C6.

4. GMP – 0.0306 mM, AMP – 0.0192 mM.

5. 5,88•10³ пар оснований.

6. рН 5,1.

7. 0,01; 0,1; 1; 10; 100.

8. а) 5.97; б) 9.74; в) 2.97; г) 7.58.

9. Ala (+; 0; -); Asp (+; -; 2-); Lys (2+; +; +); His (2+; +; -).

10. К аноду (А)  Glu; к катоду (К) Lys, Arg; на старте (С) Ala, Gly, Ser.

11. 45 гидрофобных и 84 гидрофильных остатков.

12. 7 гидрофобных и 12 гидрофильных остатков.

13. 12 гидрофобных и 49 гидрофильных остатков.

14. а) КККС; б) ККСА.

15. а) ККАА (2+; +; 1-; ; 2-); б) КСАА; в) КККС.

16. 1 – b, 2 – с, 3 – d, 4 – a.

17. ATP – 154 ое/мл, CTP – 55.5 ое/мл, GTP –117 ое/мл, UTP – 82 ое/мл.
1.2. Пространственная структура
1. а) TGATC; б) GTTCGA; в) ACGCGT; г) ATGGTA.

2. а) [T] + [C] = 0,45. б) [T] = 0,30; [C] = 0,25; [A] + [G] = 0,45.

3. Рисунок

a)

б)

4. CGC⁺

5. 1 – б; 2 – в; 3 – а.

6. б.

7. 1 – б; 2 – а; 3 – в.

8. а.

9. 477 А^o (318 остатков на цепь; 1,5 А^o на остаток).

10. Рисунок

11. G – 5F-U, дефектный белок.

1.3. Первичная структура биополимеров
1.3.1. Нуклеиновые кислоты
1. а) pGCp, AGUp, ACp, Up, GUp и C;

б) pGp, CAGp, UACUGp и UC;

в) pGp, CAp, Gp, UAp, CUGp и UC.

2. UAGCCUGAAUp.

3. pGCCAUCGAC или pGACCAUCGC.

4. pAUCAGCCGUCGG.

5. pCGAUGA, полный гидролиз фосфодиэстеразой змеиного яда и хроматографический анализ с использованием стандартов.

6. pAACCTAAGTCTG.

7. pCp, pCATTCp, pTTCp, pTTC, pTTCGTTC.

8. рGTGAp, pGTGAT.

9. pApCpUpGpCpCpGpApC.

10. pACCGUAU.

11. pGUCAAUGUCA.
1.3.2. Белки

1. 1) Мочевина (А); -меркаптоэтанол и надмуравьиная кислота.

2) 6 н HCl и нингидрин.

3) 2,4-Динитрофторбензол (А) и дансилхлорид (Б).

4) Трипсин.

5) Химотрипсин.

6) CNBr.

7) Фенилизотиоцианат.

2. Продукт реакции цистеина с этиленимином (боковая цепь CH₂SCH₂CH₂NH₂) структурно подобен лизину.

3. а) 2; б) 2; в) 8; г) 6.

4. a) Lys, Asp-Gly-Ala-Ala-Glu-Ser-Gly; ,б) Ala-Ala-His-Arg, Glu-Lys, Phe-Ile; в) Tyr-Cys-Lys, Ala-Arg, Arg, Gly; г) Phe-Ala-Glu-Ser-Ala-Gly.

а) ДНФ-Lys, ДНФ-Asp; б) ДНФ-Ala, ДНФ-Glu, ДНФ-Phe; в) ДНФ-Tyr, ДНФ-Ala, ДНФ-Arg, ДНФ-Gly; г) ДНФ-Phe.

5. Val-Ala-Lys-Glu-Glu-Phe, Val-Met-Tyr, Cys-Glu-Trp, Met-Gly-Gly-Phe.

Val-Ala-Lys-Glu-Glu-Phe, Val-гомосеринлактон, Tyr; Cys-Glu-Trp-гомосеринлактон, Gly-Gly-Phe.

6. Val-Ala-Lys, Glu-Glu-Phe-Val-гомосеринлактон, Tyr-Cys-Glu-Trp-гомосеринлактон, Gly-Gly-Phe.

7. Анализ NH₂- и СООН-концевых аминокислот; гидролиз трипсином; гидролиз химотрипсином.

8. Val-Arg/Lys-Pro-Gly.

9. Asn-Ala-Tyr-Glu-Lys-His-Gln/Pro-Val.

10. Ala-Val/Gln-Phe-Lys-Leu-Tyr-Met-Gly.

11. Tyr-Ala-His-Ser-Ile-Phe.

12. 98652.

13. Ser-Lys/Arg-Pro-Leu.

14. Ser-Pro-Lys/Asp-Pro;

15. BrCN и трипсин, 11 фрагментов.

16. Cys-Tyr-Ile-Gln-Asn-Cys-Pro-Leu-GlyNH₂.

_________________

17. Glu-His-Tyr-Ser-Leu/Glu-Trp-Lys-Pro-GlyNH₂.

18. Glu-Gln-Asp-Arg.

19. Cys-Tyr-Phe-Gln-Asn-Cys-Pro-Arg-GlyNH₂.

_________________

1 2 3 4 5 6 7

Похожие:

	Учебно-методический комплекс «Биохимия» 3 курс, V семестр 020201. 65 «Биология (специалист)» Учебно-методический комплекс предназначен для студентов III курса факультета естественных наук, направление подготовки 020201. 65...		Учебно-методический комплекс «Биохимия» 3 курс, V семестр 020201. 65 «Биология (специалист)» Учебно-методический комплекс предназначен для студентов III курса факультета естественных наук, направление подготовки 020201. 65...
	Учебно-методический комплекс дисциплины «Биохимия и молекулярная биология» Учебно-методический комплекс составлен в соответствии с требованиями государственного образовательного стандарта высшего профессионального...		Учебно-методический комплекс «Немецкий язык в экономике» Часть 2 (Ш курс) Программа подготовки уровня «Бакалавр» по аспекту «Язык профессии» по немецкому языку ( в качестве основного )Уровень –B2-C1
	Учебно-методический комплекс Новосибирск 2013 г. Учебно-методический... Учебно-методический комплекс предназначен для студентов 2 курса совместного Китайско-российского института, направление подготовки...		5. Учебно-методическое обеспечение самостоятельной работы студентов на практике Вид практики учебная (очная форма обучения –2 курс, 4 семестр; заочная – 3 курс, 6 семестр) – две недели
	Учебно-методический комплекс по дисциплине «Деньги, кредит, банки» Учебно-методический комплекс рекомендован к изданию кафедрой «Банковское дело» и утвержден Учебно-методическим советом (протокол...		Учебно-методический комплекс по специальности 030900. 62 «Юриспруденция»... Рассмотрено и одобрено на заседании кафедры государственно-правовых дисциплин мигуп
	Учебно-методический комплекс дисциплины Учебно-методический комплекс составлен в соответствии с требованиями государственного образовательного стандарта высшего профессионального...		Учебно-методический комплекс дисциплины Учебно-методический комплекс составлен на основании требований государственного образовательного стандарта высшего профессионального...
	Учебно-методический комплекс дисциплины «Трудовое право» Учебно-методический комплекс составлен в соответствии с требованиями государственного образовательного стандарта высшего профессионального...		Учебно-методический комплекс дисциплины «Компьютерная подготовка» Учебно-методический комплекс составлен в соответствии с требованиями государственного образовательного стандарта высшего профессионального...
	Учебно-методический комплекс дисциплины «Иностранный язык» Учебно-методический комплекс составлен в соответствии с требованиями государственного образовательного стандарта высшего профессионального...		Учебно-методический комплекс дисциплины «Иностранный язык» Учебно-методический комплекс составлен в соответствии с требованиями государственного образовательного стандарта высшего профессионального...
	Учебно-методический комплекс дисциплины «Информатика» Учебно-методический комплекс составлен в соответствии с требованиями государственного образовательного стандарта высшего профессионального...		Учебно-методический комплекс дисциплины «производственный менеджмент» Учебно-методический комплекс составлен в соответствии с требованиями государственного образовательного стандарта высшего профессионального...

Руководство, инструкция по применению